Jerzy Kowalski jest zatrudniony na stanowisku profesora w Politechnice Gdańskiej, pełni funkcję Kierownika Zakładu Energetyki i Automatyki Okrętowej. W chwili obecnej jest Kierownikiem projektu badawczo-rozwojowego „Tukan” – podwodnego półautonomicznego pojazdu do poszukiwania i identyfikacji min morskich oraz obiektów niebezpiecznych